Emigró a Francia para estudiar francés en un internado jesuita y prolongó su estancia. Más adelante dejó sus estudios de ciencia política y economía en La Sorbona de París, para matricularse en el curso de dirección del Instituto de Altos Estudios Cinematográficos (IDHEC).

Fue asistente de los cineastas Alain Resnais en El año pasado en Marienbad (1961), Jean Pierre Melville en El confidente (1962) y Louis Malle en Una vida privada (1962), El fuego fatuo (1963) y ¡Viva María! (1965).

Schlöndorff debutó como director con una adaptación de la novela de Robert Musil El joven Törles/Der Junge Törless (1966), que ganó el premio FIPRESCI en el Festival de Cannes y se difundió a través de salas de arte-ensayo y cineclubes.

Siguió El rebelde/ Michael Kohlhaas, der Rebell (1969). Fundó su propia compañía de producción de cine Bioskop junto con Reinhard Hauff y Eberhard Junkersdorf en 1973.

Después filmó El honor perdido de Katharina Blum/ Die Verlorene ehre der Katharina Blum (1975), basado en Heinrich Böll, Tiro de gracia/Der Fangschuss (1976) basado en la obra de Marguerite Yourcenar y El tambor de hojalata/Die Blechtrommel (1978), basado en el libro homónimo de Günter Grass.

Esta cinta le valió la Palma de Oro en el Festival de Cannes y el Premio Oscar Mejor película extranjera en 1979. En 2011 dirigió La mer à l’aube, que se presenta este 22 de noviembre en la Sala Julio Bracho del Centro Cultural Universitario.

De acuerdo con el historiador Román Gubern, su obra se “fue convirtiendo poco a poco en la de un cronista histórico”. Su matrimonio con la cineasta y actriz Margarethe von Trotta duró veinte años y los hizo colaborar además como colegas dentro del cine alemán, entre los que se han distinguido por su posición y compromiso político. Ha dirigido varias óperas en París, Frankfurt y Berlín. Schlöndorff también ha trabajado como Director Ejecutivo del estudio UFA en Babelsberg y enseña cine y literatura en el European Graduate School en Saas-Fee, Suiza, donde conduce un seminario de verano.